La idea de crear una organización para promover los cruceros en el Norte de Europa surgió durante la feria Seatrade Cruise Shipping de Miami en 1990. Por aquel entonces, muy pocas compañías se aventuraban a navegar en esa zona.
En diciembre de 1991 se constituyó formalmente la organización en Copenhague con 21 miembros.
No sería hasta 1993 cuando Costa Cruceros visitase la zona por primera vez, con el Daphne y el Enrico Costa, y el éxito de la primera temporada llevó a posicionar allí el Costa Allegra en lugar del Daphne al año siguiente.
En aquellos años, las compañias de cruceros norteamericanas ni siquiera habían pensado que habia un mercado potencial de 300 millones de consumidores en Europa a los que podrían gustarle los cruceros, pero poco a poco comenzaban a mirar a la región
En la Asamblea General de Cádiz en 1999, Patrick Ryan, de Royal Caribbean International habló de nueve nuevos barcos en el verano de 2002, con siete (RCI y Celebrity) que serían posicionados en Europa en 2003 en lugar de los tres que había en aquel momento. Los miembros de Cruise Europe ya eran 69.
Cruise Europe celebró su 15 aniversario en 2006 con una «hora feliz» en su stand de la Seatrade Miami, habiendo crecido sus miembros hasta 93.
En 2008, 7,86 millones de pasajeros visitaron la región en 6333 escalas, en comparación con los 6,44 millones y 5684 escalas del año anterior, un paso de gigante.
En la Asamblea General de Le Havre en 2013, el analista de cruceros Peter Wild declaró que el mercado emisor europeo había alcanzado 6,2 millones de pasajeros, de un total global de 20,6 millones en 2012. El Capitan Luigi Pastena, jefe de operaciones portuarias de MSC Cruceros comentó que su compañía había hecho 467 escalas en puertos europeos el año anterior con 1,4 millones de pasajeros, estimando que el total de costes portuarios habrían sido de unos 18,5 millones de euros, de los cules el 63% serían tasas portuarias.
El actual presidente, Michael McCarthy mira al futuro: «Desde que fui elegido presidente en 2012, he tenido el honor de servir con el mas dedicado director gerente, ejecutivos de puertos en el consejo y en los puertos. Continuaremos cumpliendo con la visión original de la organización de promover Europa como una región de cruceros sostenible lider mundial».
